San Juan Bautista, la Escuela de Medicina fue fundada en 1978 en San Juan, Puerto Rico. Es una corporación sin fines de lucro, constituida bajo las leyes del Estado Libre Asociado de Puerto Rico. El 22 de junio de 1979, fue autorizada por el Consejo de Educación Superior de Puerto Rico para ofrecer los estudios pertinentes para el título de médico.



La Institución ha continuado desarrollando a través de los años, y trasladó sus instalaciones a la ciudad de Caguas en 1988, uno de los centros urbanos más importantes de Puerto Rico. Cerca de 150.000 personas viven en esta ciudad progresista de Puerto Rico.
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Caguas se encuentra en la región centro-oriental de la isla, a 18 millas al sur de San Juan de la Ciudad Capital de Puerto Rico. Debido a la corta distancia entre Caguas y San Juan, que es accesible a los puertos y las instalaciones aeroportuarias, lo que permite el movimiento rápido de personas y mercancías. Este elemento facilita la expansión comercial, industrial y turística.
En febrero de 1998, la Middle States Association (MSA), otorgado Candidatura para el estado de acreditación de la Escuela. El diseño de auto-estudio fue aceptado y la Escuela fue autorizada a iniciar su proceso de auto-estudio en abril de 2001.

Gracias a esta candidatura, San Juan Bautista, Escuela de Medicina fue certificado en noviembre de 1998 para participar en el Programa de Título IV del Departamento de Educación Federal, específicamente en el programa Federal Family Education Loan.
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A través de la Reforma de Salud Puerto Rico, hubo la oportunidad de comprar los hospitales del gobierno. La Facultad de Medicina vio la posibilidad de crecimiento y presentó una propuesta para comprar el Hospital Regional de Caguas, el Dr. Eduardo Garrido Morales, y el 1 de julio de 1999, adoptó el control de sus operaciones bajo el nombre de San Juan Bautista Medical Center.

En junio de 2004, San Juan Bautista, la Escuela de Medicina estáacreditada por la Comisión de Educación Superior de la Middle States Association de Facultades y Escuelas, 3624 Market Street, Philadelphia, PA 19104, 215-662-5606. La Comisión de Educación Superior es una agencia de acreditación institucional reconocida por el Secretario de Educación de EE.UU. y el Consejo para la Acreditación de la Educación Superior.

Hasta el 30 de junio de 2004, San Juan Bautista, la Escuela de Medicina ha graduado a un total de 758 médicos que se han integrado con éxito para proporcionar atención de salud en Puerto Rico y el extranjero.